大雄宝殿坐北朝南，为重檐歇山顶，上覆灰色青瓦。大雄宝殿外墙为黄色保护漆，彰显庄严，造型优美比例协调。飞檐、斗拱、砖雕、牌匾等更使大雄宝殿庄严典雅。

大雄”是教主释迦牟尼的德界之一， 意为有毅力，除烦恼，降四魔。

殿内供奉三尊结跏趺坐的金身大佛，佛像法相庄严、慈祥，十分亲切，令人难忘。

药师佛与本师释迦牟尼佛、阿弥陀佛一起，被称为“横三世佛”或“三宝佛”。

正中间的这尊佛像为释迦牟尼佛，手持法轮。按照佛的“三十二相”特点所塑造，代表一切美好庄严。

东面的一尊是东方净琉璃世界的教主药师佛。西面的一尊为西方极乐世界教主阿弥陀佛，佛像神情肃穆，面相圆满，体态端庄。他手持莲花，接引无量众生同去西方极乐净土。

在大雄宝殿的两侧，还有二十诸天护法。二十诸天形象塑造精美，各有特点。

其中有一尊小孩，是鬼子母神最小的孩子爱奴。

大雄宝殿的后面，有一幅大型的海岛观音壁塑，反映《华严经》中善财童子五十三参。善财童子是一位好学谦虚的佛弟子，文殊菩萨教导他：“你要度化众生，必定要具备各种知识，学会各种本领。”于是善财童子就参访了五十三位各具本领的善知识，其中包括观世音菩萨。壁塑的右下角有一条船和船师，善财童子在求法途中遇到了一位撑船的长者，发现他有丰富的学识，于是跪在船头，虚心向他求教。

壁塑的正中间为观世音菩萨像。观世音菩萨是大乘佛教四大菩萨之一。他以鳌鱼为坐骑，在苦海中巡航。

观音像上方的是释迦牟尼佛在雪山苦行时的形象，他日进粒米，因而骨瘦如柴，面容憔悴。雪山上没有人烟，只有动物为伴，当时有青猴献果，野鹿献花，作为供养。最上方分布着天龙八部护法神。

壁塑下方有十八罗汉像，神态生动。罗汉为佛的弟子，奉佛之命，永住人世，济度众生。

大雄宝殿内悬挂多幅楹联牌匾，其中一幅为佛教界大德赵朴初老居士所写的玉汝于成，谛观如来相好庄严，获诸无尽功德藏；佛子应念，勤修普贤广大行愿，恒不忘失菩提心。

上联说要仔细观瞻佛陀的如来妙相，佛就会“玉汝于成”——成全你，让你获得“无尽功德藏”。下联是要大家像普贤菩萨一样，立下十大行愿，道心不退转，永不失去珍贵的“菩提心”。

大雄宝殿正门中央的匾额是“佛道崇虚”。此匾是1992年（壬申）建寺一百一十周年所题。

意为佛教推崇“四大皆空”，运用佛法来济度众生，它遍布宇宙，又能见于毫厘细微，不生不灭，历经劫难永不衰落，造福众生延续至今。

寺院中轴线是人流最密集的区域，原来的大雄宝殿前广场空间局促，遇到重要节日，香火旺盛，存在严重的公共安全隐患。为了消除隐患，也给寺院建筑布局的合理化留出改善的空间。上海玉佛禅寺在2017年9月2日启动“上海玉佛禅寺消除公共安全隐患保护性修缮工程大雄宝殿平移工程”，将大雄宝殿整体向北平移了30.66米，再向上顶升了1.05米。