药师殿位于玉佛禅寺西片区，与客堂相对。殿内供奉的是东方净琉璃世界的教主药师佛，也称药师琉璃光如来、大医王佛、医王善逝、十二愿王等。

药师佛左手持药钵，右手结无畏印。他在因地修行时，曾发十二个大愿。其中第六、七愿就是使众生远离各种身心病苦。

药师殿的两根抱柱上镌刻着一对楹联：“东方世界净琉璃日月光华照大千，药师如来真医王誓愿弘深度众生。”由著名书法家周志高沐手敬书。

琉璃，作为佛教“七宝”之一，是一种天青色的半透明宝石，并非通常所认为的彩色水晶玻璃。我们看到很多药师佛的造像，都是蓝色通体透明的，令人有纯净安宁的感觉。

佛陀在鹿野苑初转法轮时便说，众生的苦来自对生命真相的无明困惑。因为无明从而造作恶业，因为造作恶业而不得不承受苦果。所以，只有帮助众生根除无明大病，解除痛苦，这才是最彻底的治疗方案。

而这张终极药方就是依佛法正见修行，获得智慧光明。当内心清净光明，无明黑暗自然就消失得无影无踪，痛苦和轮回也就成了无源之水、无本之木。