文殊殿位于大雄宝殿的东侧，与普贤殿两相遥望。

殿堂为棕色木制结构，仿《营造法原》中明清风格建筑形式。精巧牢固，尊古融新。

玉佛禅寺的文殊菩萨圣像由铜铸贴金塑成，全身金色，慈眉善目。五髻冠其项，璎珞庄严其身，手持如意象征无上智慧、万事如意。

文殊殿内外有两块匾额，其中行书体“文殊殿”三个字由著名书画家陈佩秋沐手敬书。另一块匾额，行书体“般若深甚”，由艺术家乐震文书写。意思是佛法智慧之深奥，拥有不可思议之法义。

在玉佛禅寺的文殊殿抱柱上，由著名书法家徐之美采用庄重的隶书书写：

我是文殊 更无非文殊 休被是非炫眼目

学真般若 莫说似般若 要将真似辩分明

上联通过“是非文殊”的典故来表达：世间存在的色相皆是虚妄，不能简单的以“是”或“非”来做判断，不要被是非分别蒙蔽了眼睛，要通过般若智慧的心去领悟。

下联出自《大般若经》“真般若与相似般若”的典故。当我们有烦恼时，试着用佛法来解决困苦，这其实还是相似般若，进一步说，真般若是破除了我执之后，从自我为中心、自我的烦恼中脱离后的解脱和智慧。此种智慧乃为真智慧，这也是在提醒我们，要明辨真正的智慧，修正信的佛法。